狗刚打完疫苗可以托运吗？
首先，非常同情狗狗的遭遇！ 然后，根据题主叙述，总结如下几个问题：
1、主人从外地到南京，带宠物一起乘坐高铁；
2、因为当地没有办理过相关手续，所以提前两天到南京办理；
3、在办检疫证的时候，因为没有及时跟工作人员沟通，结果造成了宠物被隔离；
4、虽然主人一直强调已经第一时间将情况反馈给了商家和动物防疫站，但是我还是想多说一句，事先准备工作做足了不会造成这么被动的局面。
5、目前的情况就是，主人已经在积极想办法解决，希望大家多给些意见和建议。 如果是我遇到这种情况会… 先找商家投诉，要求赔偿（交通费、检疫费、误工费） 因为是商家没有做好服务工作导致的问题，并且这种情况应该属于商业秘密，所以建议不要公开投诉，私下解决问题是最好的方式。
如果不成再考虑其他途径 如果是我的话可能考虑以下方面：
1、追究商家的违约责任；
2、如果无法协商一致，起诉至法院要求对方承担赔偿责任；
3、如果是网络购物，还可以向平台发起申诉，要求平台介入处理。
在此提醒宠物主人，饲养宠物既是一种权利也是一种义务。
根据《中华人民共和国动物防疫法》第30条规定： “从事动物诊疗活动的机构以及从事动物疫病预防控制业务的单位和个人，应当为动物接种疫苗等预防工作提供技术服务并收取费用” 第80条规定：“违反本法规定，应当接种而未经接种兽用疫苗，造成动物疫病发生的，由省级以上人民政府制定的动物卫生监督机构责令改正，接种兽用疫苗；拒不改正或者逾期不改正的，可以处二千元以下罚款；情节严重的，可以并处三万元以下罚款，并由发证机关吊销证书。 ”